В 1905 году, вернувшись в Россию, женится на дочери чистопольского купца и ишана Закира Камалова – Биби-Асьме. Принимал активное участие в общественно-политическом движение мусульман России. Написала много трудов, получивших широкое обсуждение в мире. 28 октября 1949 года учёный скончался в Каире. Из уважения к его заслугам Бигиев был похоронен в фамильной королевской усыпальнице Хедивие.
В 2025 году татарская общественность и ДУМ России провели несколько мероприятий, посвященных 150-летию видного татарского религиозного мыслителя. А в Музее исламской культуры открылась уникальная выставка в честь 150-летия рождения Бигиева, представляющая личные вещи ученого из семейной коллекции Тагиржановых.